教員情報 - 武田　洋幸

■ 研究概要

◆研究課題小型魚類を用いて脊椎動物の普遍的発生原理の研究 ◆研究概要小型魚類（ゼブラフィッシュ Danio rerio とメダカ Oryzias latipes）を用いて脊椎動物初期発生過程における体軸形成および器官形成の機構を研究する。小型魚類は多数の突然変異体の存在、遺伝子導入や胚操作が容易などの発生遺伝学、実験発生学に適したモデル脊椎動物である。特に本年度は、ゼブラフィッシュを用いた左右軸形成およびメダカ突然変異体を用いたバイオミネラリゼーションの研究を実施する。ゼブラフィッシュの研究では、シグナル分子であるノーダルを中心に可視化と伝搬のメカニズム、メダカ変異体は耳石欠損変異体の表現型解析を進める。

■ 学会発表

1.		A role of collective cell migration in tissue elongation during coordinate growth of zebrafish midline tissues（19th International Congress of International Society of Developmental Biologists）
2.		The Structure and epigenetics of thepluripotent genome in medaka fish（4th Strategic Medaka PI Meeting）
3.	2022/12/02	幼少期の栄養刺激がメダカ成体の脂肪組織に与える影響の解析（第45回日本分子生物学会年会）
4.	2022/11/09	The effects of maternal high-fat diet on oogenesis and offspring development in medaka（The 95th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society）
5.	2022/09/01	A role of collective cell migration in tissue elongation during coordinated growth of zebrafish midline tissues（第28回小型魚類研究会）
6.	2022/09/01	Extracellular regulation of Nodal and Dand5 proteins in the left-right asymmetry formation of zebrafish embryos（第 28回小型魚類研究会）
7.	2022/06/07	Extracellular regulation of Nodal and Dand5 secreted from the left-right organizer in zebrafish（The Biology and Physiscs of Left-Right Patterning Workshop）
8.	2022/06/01	Collective cell migration drives tissue elongation during coordinate growth of midline tissues（日本発生生物学会第55回大会）
9.	2022/06/01	Transdifferentiation of Kupffer’s vesicle-derived cells into mesodermal lineages（日本発生生物学会第55回大会）
10.	2021/12/03	メダカ初期胚におけるDNAメチル化リプログラミングの動態解析（第44回日本分子生物学会大会）
11.	2021/12/03	母親への栄養刺激が卵形成および次世代個体へもたらす影響の解析（第44回日本分子生物学会大会）
12.	2021/12/02	幼少期の栄養刺激がメダカ脂肪組織に与える影響の解析（第44回日本分子生物学会大会）
13.	2021/07/07	脊椎動物の初期発生とエピゲノムの成立 - メダカ胚を用いたヒストン修飾の定量的解析（第48回日本毒性学会学術年会）
14.	2020/07/01	脊椎動物の初期発生とエピジネティックス（第47回日本毒性学会学術年会シンポジウム）
15.	2019/12/06	Transient nutritional stress-induced changes in early life stage and their epigenetic memory in Medaka liver（The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan）
16.	2019/12/05	Behavior of the Nodal protein in vertebrate embryos（The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan）
17.	2019/12/05	Epigenetic reprogramming during gametogenesis and pronuclear stage in medaka（The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan）
18.	2019/12/04	Epigenetic reprogramming of histone modifications during early development of Japanese killifish(medaka)（The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan）
19.	2019/09/12	脊椎動物胚の左右非対称性を生み出すNodalシグナル長距離伝達機構とその進化過程（日本動物学会第90回大阪大会）
20.	2019/09/04	Epigenetic reprogramming during gametogenesis and pronuclear stage in medaka（The 25th Japanese Medaka and Zebrafish Meeting）
21.	2019/09/04	Nutritional stress-induced changes and its memory in Medaka liver（第25回小型魚類研究会）
22.	2019/08/26	Reprogramming of histone modifications during early development of Japanese killifish (medaka)（Epigenetic Inheritance Symposium 2019, Zurich）
23.	2019/08/24	Medaka Genetics and Genomics – New Insights into vertebrate development and evolution（24th General Assembly of China Zoological Society）
24.	2019/05/15	Canonical and non-canonical Wnt signaling are linked by zic1/zic4 in dorsal somite patterning（52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology）
25.	2019/05/15	Coordinated growth of midline tissues in the zebrafish axis elongation（52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology）
26.	2019/03/17	Establishment of the three-dimensional genome structure during medaka fish development（Keystone Symposia:Epigenetics and Human Disease）
27.	2019/03/17	Targeted in vivo epigenome editing in medaka (Japanese killifish)（Keystone Symposia:Epigenetics and Human Disease）
28.	2018/12/17	The Art of Medaka Genetics and Genomics（Seminar In Tsinghua University）
29.	2018/10/11	Live-imaging and 3D analysis of zebrafish somite morphogenesis（12th Gfe School 2018）
30.	2018/07/17	Coordinated tissue elongation in the zebrafish posterior body（Japan-Tronto Morphogenesis Symposium）
31.	2018/07/17	Rotational cell migration: a new logic behind 3D somite morphogenesis（Japan-Tronto Morphogenesis Symposium）
32.	2018/06/08	Establishment of three-dimensional genome structure during vertebrate embryogenesis（Joint Annual Meeting of JSDB 51st and JSCB 70th）
33.	2018/06/06	3D Cell behavior in zebrafish somite morphogenesis（Joint Annual Meeting of JSDB 51st and JSCB 70th）
34.	2018/06/06	Role of rotational collective cell migration in somite morphogenesis.（Joint Annual Meeting of JSDB 51st and JSCB 70th）
35.	2018/06/06	Targeted in vivo epigenome editing of H3K27me3（第70回日本細胞生物学会第51回日本発生生物学会合同大会）
36.	2018/01/12	”Deciphering the structure and epigenetics of the pluripotent genome in medaka fish"（KEY Forum: Stem Cell Traits and Developmental Systems）
37.	2017/12/08	メダカにおけるin vivoエピゲノム編集（2017年度生命科学系学会合同年次大会）
38.	2017/10/14	メダカ左右軸変異体からの展開（山田科学振興財団設立40周年記念講演会）
39.	2017/06/20	Establishment of the three-dimensional genome structure in vertebrate early embryos（18th International Congress of Developmental Biology）
40.	2017/06/18	"Cellular and molecular mechanisms for the establishment of the lifelong dorsoventral compartment boundary in the teleost trunk"（18th International Congress of Developmental Biology）
41.	2017/06/18	"Targeted in vivo epigenome editing in medaka fish"（18th International Congress of Developmental Biology）
42.	2017/05/23	"メダカにおける、CRISPRに基づいたin vivoエピゲノム編集"（第11回日本エピジェネティクス研究会年会）
43.	2017/05/11	"3D analysis of zebrafish somite morphogenesis"（50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists）
44.	2017/05/11	"Cellular and molecular mechanisms for the establishment of the dorsal and ventral compartments in the teleost somite"（50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists）
45.	2016/11/17	Decoupling of DNA methylation from genomic sequence in early medaka embryos（第22回国際動物学会第87回日本動物学会合同大会）
46.	2016/10/02	Deciphering the logic of pluripotent epigenome in medaka（7th Asia Oceania Zebrafish Meeting Singapore）
47.	2016/09/06	Deciphering the logic of pluripotent epigenome in medaka（千里ライフサイエンスセンター）
48.	2015/12/01	Deciphering the genetic code for the vertebrate pluripotent epigenome（BMB2015）
49.	2014/11	Role of large hypomethylated domains in epigenetic regulation of key developmental genes（JSPS – Bilateral Seminar Program "Genomic and epigenomic insights into vertebrate regeneration,development and evolution - Xenopus and fish as models）
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■ 著書・論文歴

1.	2024/08	論文	Cell cycle length governs heterochromatin reprogramming during early development in non-mammalian vertebrates. EMBO Report 25(8),pp.3300-3323 （共著）
2.	2024/01	論文	Maternal High-Fat Diet Affects the Contents of Eggs and Causes Abnormal Development in the Medaka Fish. Endocrinology 165(3) （共著）
3.	2023/09	論文	Targeted Manipulation of Histone Modification in Medaka Embryos Methods in Molecular Biology 2577,279-293頁（共著）
4.	2023/08	論文	High-fat diet in early life triggers both reversible and persistent epigenetic changes in the medaka fish (Oryzias latipes) （共著）
5.	2023/04	論文	Incomplete erasure of histone marks during epigenetic reprogramming in medaka early development Genome Research 33(4),pp.572-586 （共著）
6.	2023/03	論文	Stability in gene expression and body-plan development leads to evolutionary conservation. EvoDevo 14(1),pp.4-4 （共著）
7.	2023/03	論文	Teratorn and Its Related Elements – a Novel Group of Herpesviruses Widespread in Teleost Genomes. Zoological Science, 40(2):83-90. 40(2),pp.83-90 （共著）
8.	2022/10	論文	Epigenetically distinct synaptic architecture in clonal compartments in the teleostean dorsal pallium Elife 12,e8509頁（共著）
9.	2022/05	論文	Wnt11 acts on dermomyotome cells to guide epaxial myotome morphogenesis eLife 11 （共著）
10.	2022/04	論文	Potential contribution of intrinsic developmental stability toward body plan conservation. BMC biology 20(1),pp.82-82 （共著）
11.	2022/03	論文	Reemployment of Kupffer’s vesicle cells into axial and paraxial mesoderm via transdifferentiation Development, Growth & Differentiation （共著）
12.	2021/12	論文	Methylome inheritance and enhancer dememorization reset an epigenetic gate safeguarding embryonic programs Science Advances 7(52) （共著）
13.	2021/06	論文	CTCF looping is established during gastrulation in medaka embryos Genome Research 31(6),968-980頁（共著）
14.	2021	論文	Chromatin architecture transitions from zebrafish sperm through early embryogenesis Genome Research 31(6),pp.981-994 （共著）
15.	2020	論文	Recent Evolution of a TET-Controlled and DPPA3/STELLA-Driven Pathway of Passive DNA Demethylation in Mammals Nature Communications 11(1) （共著）
16.	2019/04	論文	Horizontal Boundary Cells, a Special Group ofSomitic Cells, Play Crucial Roles in the Formationof Dorsoventral Compartments in Teleost Somite Cell Reports 27(3),pp.928-939 （共著）
17.	2019/03	論文	Targeted in vivo epigenome editing of H3K27me3. Epigenetics & Chromatin 12(1) （共著）
18.	2019	論文	A Nearly Complete Genome of Ciona Intestinalis Type A (C. Robusta) Reveals the Contribution of Inversion to Chromosomal Evolution in the Genus Ciona. Genome Biology and Evolution 11(11),pp.3144-3157 （共著）
19.	2019	論文	Recapitulation-like developmental transitions of chromatin accessibility in vertebrates. Zoological letters 5,pp.33-33 （共著）
20.	2018/05	論文	Systematic studies of all PIH proteins in zebrafish reveal their distinct roles in axonemal dynein assembly. eLife 7 （共著）
21.	2018/03	論文	Embryonic lethality is not sufficient to explain hourglass-like conservation of vertebrate embryos EvoDevo 9(1),pp.7 （共著）
22.	2018/02	論文	Fusion of piggyBac-like transposons and herpesviruses occurs frequently in teleosts Zoological Letters 4(1),pp.6 （共著）
23.	2018	論文	Zic genes in teleosts: Their roles in dorsoventral patterning in the somite Advances in Experimental Medicine and Biology 1046,pp.141-156 （共著）
24.	2017/12	論文	Unlinking the methylome pattern from nucleotide sequence, revealed by large-scale in vivo genome engineering and methylome editing in medaka fish PLOS GENETICS 13(12),pp.e1007123 （共著）
25.	2017/11	論文	Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation NATURE COMMUNICATIONS 8(1),pp.1833 （共著）
26.	2017/09	論文	Hypomethylated domain-enriched DNA motifs prepattern the accessible nucleosome organization in teleosts EPIGENETICS & CHROMATIN 10(1),pp.44 （共著）
27.	2017/07	論文	Cellular and molecular mechanisms for the establishment of the lifelong dorsoventral compartment boundary in the teleost trunk MECHANISMS OF DEVELOPMENT 145,pp.S74-S74 （共著）
28.	2017/07	論文	Clonal analysis of construction mechanism of the adult telencephalon mediated by post-hatch neurogenesiss in medaka fish Mechanisms of Development 145,pp.S118-S119 （共著）
29.	2017/06	論文	Targeted Ablation of Pancreatic β Cells in Medaka. Zoological Science 34(3),pp.179-184 （共著）
30.	2016/10	論文	AgIn: measuring the landscape of CpG methylation of individual repetitive elements BIOINFORMATICS 32(19),pp.2911-2919 （共著）
31.	2016/08	論文	Comparative Analysis of Genome and Epigenome in Closely Related Medaka Species Identifies Conserved Sequence Preferences for DNA Hypomethylated Domains ZOOLOGICAL SCIENCE 33(4),pp.358-365 （共著）
32.	2016/02	論文	Assessing Cell-to-Cell DNA Methylation Variability on Individual Long Reads SCIENTIFIC REPORTS 6,pp.21317 （共著）
33.	2016/01	論文	Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene. Nature communications 7,pp.10397-10397 （共著）
34.	2016	論文	Transport of outer dynein proteins to ciliary axoneme requires a cytoplasmic protein Lrrc6. Genes to Cells. 21 （共著）
35.	2015/11	論文	Associations between nucleosome phasing, sequence asymmetry, and tissue-specific expression in a set of inbred Medaka species BMC GENOMICS 16,pp.978 （共著）
36.	2015	論文	Unexpected link between polyketide synthase and calcium carbonate biomineralization. Zoological letters 1(1),3頁（共著）
37.	2010	論文	The Art of Medaka Genetics and Genomics: What Makes Them So Unique? ANNUAL REVIEW OF GENETICS, VOL 44 44,pp.217-241 （共著）
38.	2007/06	論文	The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution NATURE 447(7145),pp.714-719 （共著）
39.	2007/03	論文	[Basic principle of the segmentation clock: synchronization and robustness to noise]. Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 52(3),236-42頁（共著）
40.	2006/12	論文	Draft genome sequence of medaka: Evolution of fish genome ZOOLOGICAL SCIENCE 23(12),pp.1126-1126 （共著）
41.	2006/06	論文	Noise-resistant and synchronized oscillation of the segmentation clock NATURE 441(7094),pp.719-723 （共著）
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■ 職歴

1.

京都産業大学

■ 所属学会

1.		日本分子生物学会
2.		日本動物学会
3.		日本発生生物学会
4.		日本細胞生物学会

■ 研究課題・受託研究・科研費

1.		Cell Fate Determination in Vertebrate Embryogenesis
2.		Development of Vertebrate certral Nervous System
3.		脊椎動物初期発生における細胞運命決定機構
4.	2018/10～2024/03	全ライフコースおよび次世代におよぶエピジェネティック記憶の研究
5.	2015/06～2020/03	細胞集団の回転運動による3D形態形成のロジック
6.	2013/10～2018/03	DNA3次元クロマチン動態の理解と予測
7.	2013/04～2017/03	メダカゲノムを用いた発生重要遺伝子のエピジェネティック発現制御機構
8.	2012/04～2014/03	メダカ耳石形成変異体を用いたバイオミネラルの結晶核形成メカニズムの解明
9.	2010/04～2015/03	ミクロからマクロへ階層を超える秩序形成のロジック
10.	2010/04～2016/03	秩序形成のロジックの総括研究
11.	2010/04～2016/03	組織が創るマクロでロバストなコンパートメントの成立・維持のロジック計画研究
12.	2008/04～2011/03	メダカ遺伝学を用いた脊椎動物体軸形成機構の解析
13.	2006/04～2008/03	メダカ突然変異体を用いた左右軸決定機構の解析
14.	2005/04～2010/03	メダカゲノム・EST情報と突然変異体を駆使した発生・再生システムの解明
15.	2002/04～2004/03	メダカ突然変異体を用いた脊椎動物器官形成の発生遺伝学的解析
16.	2001/04～2005/03	脊椎動物モデルとしての小型魚類の発生の遺伝子システムの解明
17.	1998/04～1999/03	ゼブラフィッシュ初期胚における中枢神経系の前後軸成立機構の解析
18.	1998/04～2000/03	ゼブラフィッシュ突然変異体を用いた中枢神経の背腹軸形成機構の解析
19.	1998/04～2004/03	脊椎動物中枢神経系における前後軸・背腹軸の成立機構
20.	1997/04～1998/03	ゼブラフィッシュ初期胚における頭部領域の決定機構
21.	1996/04～1998/03	ゼブラフィッシュ初期胚を用いた神経特異的遺伝子の発現制御機構の解析
22.	1993/04～1996/03	ゼブラフィッシュ初期胚特異的転写因子 ZFPOU2の機能解析
23.	1988/04～1989/03	分子生物学的手法を用いた前立腺誘導物質及びその遺伝子の検索
24.	1987/04～1988/03	モザイク前立腺形成におけるアンドロゲンレセプター欠損細胞の動態
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■ 講師・講演

1.

2022/06/25

生物学の魅力

■ 展覧会・演奏会・競技会等

1.

2000

Zebrafish Mesp family genes, mesp-a and mesp-b are segmentally expressed in the presomitic mesoderm, and Mesp-b confers the anterior identity to the developing somites.(共著) 1691-1702

■ ホームページ

http://www.biol.s.u-tokyo.ac.jp/users/hassei/lab.html

■ 受賞学術賞

1.	2015	第18回比較腫瘍学常陸宮賞
2.	2008/08	日本動物学会日本動物学会賞

■ 現在の専門分野

発生生物学, ゲノム生物学　（キーワード：体節、中胚葉、誘導、メダカ、ゼブラフィッシュ、発生生物学）


研究キーワード：体節、中胚葉、誘導、メダカ、ゼブラフィッシュ、発生生物学