教員情報 - 河邊　昭

■ 研究概要

◆研究課題・植物野生集団におけるDNA変異の維持機構の解明・染色体構造の変化の原因としての転移因子の動態解析 ◆研究概要シロイヌナズナを含むアブラナ科植物やイネ科植物を材料としてDNA変異の維持機構の解明を大きな課題として研究をおこなう。DNA変異がどのように出現し、世代を経て集団中での頻度をどのように変化させていくのかを明らかにすることで生物の進化機構を明らかにできると考えている。特に染色体構造の違いやそれをもたらす機構がどのようにDNA変異に影響を与えるかという点に焦点を絞って研究をおこなう。染色体の構造の変化の原因ともなりうる転移因子に関して異なる種でどのようなグループを形成しているのかやその転移機構を明らかにするために、実際に転移するコピーの探索をおこなう。その過程で近縁種間での転移因子の進化パターンを解析していく。また、転移因子を活性化させることで起こる表現型の変化や、ゲノム構造の変化を直接観察することも考慮していく。エピジェネティックな制御機構により遺伝子発現やクロマチン構造の変化が起こることが知られている。エピジェネティックな制御は配列の違いによらず表現形に差異をもたらすことが可能であるが、クロマチン構造の変化により進化パターンに影響を与えると思われる。様々なエピジェネティック制御機構のうち転移因子を含む外来DNAのメチル化に注目して研究を進めていく。

■ 著書・論文歴

1.	2022/08	論文	琵琶湖集水域の環境メタロミクス（１０）琵琶湖岸の希少植物タチスズシロソウ -環境要因が個体数に与える影響- 金属 92(8),73-80頁（共著）
2.	2020/06	論文	Epigenetic regulation of spurious transcription initiation in Arabidopsis Nature Communications 11(1),pp.3224 （共著）
3.	2019/03	論文	Divergence of RNA editing among Arabidopsis species Plant Science 280,pp.241-247 （共著）
4.	2019/02	論文	Genome defense against integrated organellar DNA fragments from plastids into plant nuclear genomes through DNA methylation Scientific Reports 9,pp.2060 （共著）
5.	2018/12	論文	DNA methylation diversification at the integrated organellar DNA-like sequence Genes 9(12),pp.602 （共著）
6.	2018	論文	Characterization of a heat-activated retrotransposon in Vigna angularis Breeding Science 68,pp.168-176 （共著）
7.	2018	論文	Exploring the history of chloroplast capture in arabis using whole chloroplast genome sequencing Internationa Journal of Molecular Sciences 19,pp.602 （共著）
8.	2018	論文	Genome-wide analysis of parent-of-origin allelic expression in endosperms of Brassicaceae species, Brassica rapa Plant Cell and Physiology 59(12),pp.2590-2601 （共著）
9.	2018	論文	The complete chloroplast genome of Sisymbrium irio Mitochondrial DNA part B 3,pp.488-489 （共著）
10.	2017	論文	Analysis of nuclear mitochondrial DNAs and the factors affecting patterns of integration in plant species Genes and Genetic Systems 92,pp.27-33 （共著）
11.	2017	論文	Epigenetic Regulation of Heat-Activated Retrotransposon in Cruciferous Vegetables. Epigenomes 1,pp.7 （共著）
12.	2017	論文	Evolution of sequence-specific anti-silencing systems in Arabidopsis Nature Communications 8,pp.2161 （共著）
13.	2016	論文	Characterization of a heat-activated retrotransposon in natural accessions of Arabidopsis thaliana Genes and Genetic Systems 91,pp.293-299 （共著）
14.	2016	論文	Gene duplication, silencing and expression alteration govern the molecular evolution of PRC2 genes in plants Genes and Genetic Systems 91(2),pp.85-95 （共著）
15.	2016	論文	Zinc accumulation and vegetation ecology in the allotetraploid, Arabidopsis kamchatica ssp. kawasakiana Plant Biotechnology 33,pp.33-37 （共著）
16.	2015	論文	Metal accumulation by Arabidopsis halleri subsp. gemmifera at a limestone mining site Australian J. Botany 63(2),pp.134-140 （共著）
17.	2014	論文	Patterns of genomic integration of nuclear chloroplast DNA fragments in plant species DNA Research 21,pp.127-140 （共著）
18.	2013	著書	突然変異（３）遺伝的多型.　遺伝子図鑑（国立遺伝学研究所「遺伝子図鑑」編集委員会） 146-147頁（共著）
19.	2013	論文	Evolution of the ONSEN retrotransposon family activated upon heat stress in Brassicaceae Gene 518,pp.256-261 （共著）
20.	2013	論文	Importance of Gene Duplication in the Evolution of Genomic Imprinting Revealed by Molecular Evolutionary Analysis of the Type I MADS-Box Gene Family in Arabidopsis Species PLOS One 8,pp.e73588 （共著）
21.	2013	論文	Mobilization of a plant transposon by expression of the transposon-encoded anti-silencing factor. EMBO J. 32,pp.2407-2417 （共著）
22.	2012	論文	Centromere-targeted de novo integrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata Genes and Development 26,pp.705-713 （共著）
23.	2009	論文	Bursts of retrotransposition reproduced in Arabidopsis. Nature 461,pp.423-426 （共著）
24.	2009	論文	シロイヌナズナにおけるＤＮＡメチル化とトランスポゾン制御実験医学 27,3075-3079頁（共著）
25.	2008	著書	「short topics インプリント遺伝子MEDEAの進化パターン」監修　島本功　飯田滋　角谷徹二　細胞工学別冊　植物細胞工学シリーズ２４　「植物のエピジェネティックス」秀潤社 152-155頁（共著）
26.	2008	論文	Evolution and control of imprinted FWA genes in the genus Arabidopsis. PLoS Genetics 4,pp.e100048 （共著）
27.	2008	論文	High DNA sequence diversity in pericentromeric genes of the plant Arabidopsis lyrata. Genetics 179,pp.985-995 （共著）
28.	2008	論文	Patterns of polymorphism and demographic history in natural populations of Arabidopsis lyrata. PLoS One 3,pp.e2411 （共著）
29.	2007	著書	「short topics シロイヌナズナの近縁種に見られる染色体構造の進化」監修　清水健太郎、長谷部光泰　細胞工学別冊　植物細胞工学シリーズ２３　「植物の進化　－基本概念からモデル生物を活用した比較・進化ゲノム学まで－」秀潤社（共著）
30.	2007	論文	Characterization of a splicing variant of plant Aurora kinase. Plant Cell and Physiology 48,pp.369-374 （共著）
31.	2007	論文	High diversity due to balancing selection in the promoter region of the Medea gene in Arabidopsis lyrata. Current Biology 17,pp.1885-1889 （共著）
32.	2007	論文	Patterns of DNA variation among three centromere satellite families in Arabidopsis halleri and lyrata. Journal of Molecular Evolution 64,pp.237-247 （共著）
33.	2006	論文	Aurora kinase is required for proper chromosome segregation in tobacco BY-2 cells. The Plant Journal 48,pp.572-580 （共著）
34.	2006	論文	Centromere locations and associated chromosome rearrangements in Arabidopsis lyrata and A. thaliana. Genetics 173,pp.1613-1619 （共著）
35.	2006	論文	Chromosome-specific satellite sequences of Turritius glabra. Genes and Genetic Systems 81,pp.287-290 （共著）
36.	2006	論文	Comparative gene mapping in Arabidopsis lyrata chromosomes 1 and 2 and the corresponding A. thaliana chromosome 1: recombination rates, rearrangements and centromere location. Genetical Research 87,pp.75-85 （共著）
37.	2006	論文	Comparative gene mapping in Arabidopsis lyrata chromosomes 6 and 7 and A. thaliana chromosome IV: evolutionary history, rearrangements and local recombination rates. Genetical Research 88,pp.45-56 （共著）
38.	2006	論文	Duplication of centromeric histone H3 (HTR12) gene in Arabidopsis halleri and lyrata, plant species with multiple centromeric satellite sequences. Genetics 174,pp.2021-2032 （共著）
39.	2006	論文	Polymorphic chromosomal specificity of centromere satellite families in Arabidopsis halleri ssp. gemmifera. Genetica 126,pp.335-342 （共著）
40.	2006	論文	Testing for the effects of recombination rate on nucleotide diversity in natural populations of Arabidopsis lyrata. Genetics 174,pp.1421-1430 （共著）
41.	2005	論文	A simple method to score single nucleotide polymorphisms based on allele-specific PCR and primer-induced fragment length variation. Molecular Ecology Notes 5,pp.692-696 （共著）
42.	2005	論文	Characterization of plant Aurora kinases during mitosis. Plant Molecular Biology 58,pp.1-13 （共著）
43.	2005	論文	Structure and genomic organization of centromeric repeats in Arabidopsis species. Molecular Genetics and Genomics 272,pp.593-602 （共著）
44.	2005	その他	Dynamics of the plant Aurora kinase AtAUR3 during mitosis and spindle abnormality induced by AtAUR3 overexpression. Cytologia cover and technical note, （共著）
45.	2004	論文	An Arabidopsis thaliana gene on the yeast artificial chromosome can be transcribed in tobacco cells. Cytologia 69,pp.235-240 （共著）
46.	2004	論文	Application of the bioactive beads methods in rice transformation. Plant Biotechnology 21,pp.303-306 （共著）
47.	2004	論文	Genomic localization of endogenous mobile CACTA family transposons in natural variants of Arabidopsis thaliana. Molecular Genetics and Genomics 270,pp.524-532 （共著）
48.	2004	論文	Inter-locus nonrandom association of polymorphisms in Drosophila chemoreceptor genes. Proceeding of National Academy of Science USA 101,pp.14156-14161 （共著）
49.	2004	論文	Obtainment of transgenic plants using the bio-active beads method. Journal of Plant Research 117,pp.95-99 （共著）
50.	2003	論文	DNA polymorphism at the ACAULIS5 locus of the wild plant Arabidopsis thaliana. Genes and Genetic Systems 78,pp.11-21 （共著）
51.	2003	論文	DNA polymorphism in active gene and pseudogene of the cytosolic phosphoglucose isomerase (PgiC) loci in Arabidopsis halleri ssp. gemmifera. Molecular Biology and Evolution 20,pp.1043-1050 （共著）
52.	2003	論文	Patterns of codon usage bias in three dicot and four monocot plant species. Genes and Genetic systems 78,pp.343-352 （共著）
53.	2002	論文	Characterization of duplicated two cytosolic phosphoglucose isomerase (PgiC) loci in Arabidopsis halleri ssp. gemmifera. Genes and Genetic Systems 77,pp.159-165 （共著）
54.	2002	論文	DNA variation in the acidic chitinase locus (ChiA) region in Arabis gemmifera and its related species. Genes and Genetic Systems 77,pp.167-175 （共著）
55.	2002	論文	Molecular cloning, sequencing, and chromosome mapping of a 1A-encoded w-type prolamin sequence from wheat. Genome 45,pp.661-669 （共著）
56.	2002	論文	Nucleotide polymorphism at the Atmyb2 locus of the wild plant Arabidopsis thaliana. Genetical Research 80,pp.89-98 （共著）
57.	2000	論文	DNA polymorphism at the cytosolic phosphoglucose isomerase (PgiC) locus of the wild plant Arabidopsis thaliana. Genetics 156,pp.1339-1347 （共著）
58.	1999	論文	DNA variation in the Basic Chitinase Locus(ChiB)region of the Wild Plant Arabidopsis thaliana. (共著) Genetics 153/,1445-1453 （共著）
59.	1999	論文	DNA variation in the wild plant Arabidopsis thaliana revealed by Amplified Fragment Length Polymorphism analysis(共著) Genetics 152/,1723-1731 （共著）
60.	1998	論文	Intra-and interspecitic DNA variation and codon bias of alcohol dehydrogenase(Adh)locus in Arabis and Arabidopsis Species(共著) Molecular Biology and Evolution 15/,1420-1429 （共著）
61.	1998	その他	Phylogenetic relationship among the section Stenophora in the genus Dioscorea based on the DNA variation at the Pgi locus. Dioscorea Research 1,pp.59-63 （単著）
62.	1997	論文	Nucleotide polymorphism in the acidic chitinase locus(ChiA)region of the w ild plant Arcbidopsis thaliana(共著) Molecular Biology and Evolution 14,pp.1303-1315 （共著）
63.	1997	論文	Phylogenetic relationship among the section stenophora in the genus Dioscorea based on the analysis of nucleotide sequence variation in the phosphoglucase isomerase(Pgic)locus(共著) Genes and Genetic Systems 72/,253-262 （共著）
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■ 職歴

1.	2020/04～	京都産業大学生命科学部先端生命科学科教授
2.	2010/04～2019/03	京都産業大学総合生命科学部生命資源環境学科准教授

■ 所属学会

1.		日本進化学会
2.		日本遺伝学会
3.		英国遺伝学会

■ researchmap研究者コード

1000312023

■ 研究課題・受託研究・科研費

1.		Study on DNA polyprorphism in Arabidopsis thaliana and its related species
2.		シロイヌナズナとその近縁種におけるDNA多型の研究
3.		シロイヌナズナ近縁種の動原体の進化機構

■ 受賞学術賞

1.

2015

日本遺伝学会奨励賞

■ 現在の専門分野

遺伝学

■ 外部研究者ID

orcID

0000-0001-5770-412X